W czasie zaborów

Parafia Podstolice przez szereg stuleci należała do diecezji krakowskiej. Jej świetność zapoczątkowana w roku tysięcznym zaczęła zanikać wraz z zachodem ówczesnej Rzeczypospolitej. Stały dotąd podział diecezjalny uformowany w średniowieczu, zaczął się zmieniać na skutek przyczyn politycznych, które powodowały przecinanie związków organizacyjnych terenów oderwanych od polskiej organizacji kościelnej. Wioska Podstolice już w czasie pierwszego zaboru dostała się w ramy granic Cesarstwa, którego wojska docierając do brzegów Wisły, zagarnęły ziemie Rzeczypospolitej w maju 1772 roku w celu "przywrócenia pokoju". Tereny te zostały nazwane Królestwem Galicji i Lodomerii, co miało świadczyć o "prawach" Austrii do tych terenów. Wśród utworzonych dziewiętnastu obwodów, tzw. cyrkułów, obwód bocheński stanowił najmniejszy w całej Galicji. Rozciągał się wzdłuż Wisły, od Podgórza do ujścia Dunajca i do niego przynależały miejscowości parafii podstolickiej.

Bezpośrednio po zabraniu ziem polskich przez Austrię, władze w Wiedniu myślały o utworzeniu na tych terenach nowej organizacji Kościoła, przede wszystkim zaś o utworzeniu diecezji tarnowskiej. Wobec przedłużających się rozmów w tej sprawie oraz oporów ze strony biskupa krakowskiego Ignacego Kajetana Sołtyka i jego koadiutora Prymasa Poniatowskiego, a także Stolicy Apostolskiej, Cesarz samowolnie utworzył diecezję tarnowską w 1783 roku, a dalsze starania w Stolicy Apostolskiej przyniosły efekt w postaci kanonicznego jej erygowania przez papieża Piusa VI w dniu 13 marca 1786 roku. Wśród parafii diecezji krakowskiej przyłączonych do nowopowstałej diecezji znalazła się parafia Podstolice.

Trzeci rozbiór Polski włączając do Austrii w 1795 roku kolejne ziemie diecezji krakowskiej zrodził nową myśl, aby znieść niepotrzebną już i zbytnio obciążającą Fundusz Religijny diecezję tarnowską. Zostało to zrealizowane w 1807 roku. Tylko na trzy lata Podstolice powróciły pod jurysdykcję biskupa krakowskiego, gdyż po utworzeniu Księstwa Warszawskiego w 1809 roku (obejmującego także Kraków oraz z okręgu Wieliczki siedem parafii: Wieliczka, Bieżanów, Ludwinów, Kosocice, Wróblowice, Gaj i Tyniec) , utworzono na terenach obwodów bocheńskiego i myślenickiego Wikariat Generalny w Starym Sączu, który urzędował tam od roku 1811 przez jedenaście lat, do powstania diecezji tynieckiej. Kiedy Wieliczka na krótki czas była przyłączona do Księstwa Warszawskiego (1809-1815), wszystkie wioski należące do tej parafii, a znajdujące się po stronie austriackiej zmuszone były udawać się o pomoc religijną do innych pobliskich parafii. W Podstolicach taką opieką otoczono między innymi mieszkańców Sierczy.

Gdy postanowiono przywrócić diecezję tarnowską, zadecydowano o przyłączeniu do niej czterech okręgów politycznych: Bochnię, Myślenice, Nowy Sącz i Tarnów, ale jej stolicą miał być Tyniec i taka miała być jej nazwa.

Ze względu na niepraktyczne usytuowanie stolicy, biskup Ziegler poczynił starania o przeniesienie jej do Tarnowa. Uczynił to papież Leon XII w 1826 roku nadając jej równocześnie właściwą nazwę "tarnowska". Biskupowi tej diecezji parafia Podstolice była podporządkowana do roku 1880, kiedy to ponownie na prawy brzeg Wisły wróciły rządy biskupa krakowskiego. Wśród argumentów za reorganizacją terytorialną podano, że najbliższe Krakowa dekanaty należały dawniej do diecezji krakowskiej, oraz że wierni tych dekanatów i księża bliżej mieć będą do swojego biskupa w Krakowie.

Z pobliskiego dekanatu wielickiego przyłączono, jedynie parafie: Bieżanów, Grabie, Kosocice, Podgórze, Podstolice, Świątniki Górne, Wieliczkę i Wróblowice.

Na terenach zagarniętych przez Austrię, niemal od pierwszych chwil Kościół zaczął podlegać władzy cesarskiej. Szereg dekretów będących kontynuacją polityki kościelnej Marii Teresy, a przeprowadzonych przez Józefa II spowodowały, iż duchowni stali się właściwie urzędnikami państwowymi. Ambona stała się mównicą państwową, z której nakazano czytać ogłoszenia nie tylko o charakterze społeczno-charytatywnym, ale także związane z administracją państwa. Nowa sytuacja spowodowała także wielkie zmiany w dziedzinie majątków kościelnych. W roku 1786 przejęto dobra duchowieństwa diecezjalnego i zakonnego, zwłaszcza krakowskiego, które miało swoje posiadłości w Galicji. W ten sposób po pierwszym rozbiorze Uniwersytet Krakowski utracił dziewiętnaście probostw i plebanii: w Wieliczce, Kętach, Lanckoronie, Szczepanowie oraz w Podstolicach. Miejscowy proboszcz, ks. Antoni Gorczyński wiedząc o tym, iż po odcięciu kordonem granicznym wieś Podstolice zostanie odłączona od Uniwersytetu, starał się aby została ona odstąpiona na uposażenie miejscowego kościoła podstolickiego.

W kronice zapisał, że miało to nastąpić, ale starania okazały się niewystarczające. Dobra ziemskie po prawej stronie Wisły obłożono sekwestrem, ale ten zamieniono na konfiskatę wszystkich majątków położonych w Galicji. Rząd austriacki wcielił najpierw Podstolice do dóbr funduszu religijnego, a następnie sprzedał zatrzymując prawo patronatu